مطالعه بیوانفورماتیکی ویژگی های ایمونوژنیک پروتئین های با بیان متأثر از آهن در باکتری acinetobacter baumannii
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده علوم پایه
- author حدیثه بزم آرا
- adviser ایرج رسولی
- publication year 1392
abstract
baumannii acinetobacter یک پاتوژن بیمارستانی با قدرت بیماری زایی در حال رشد است. این باکتری عفونت-های مقاوم به چندین آنتی بیوتیک ایجاد می کند و به درمان های دارویی و مواد ضد میکروبی به شدت مقاوم است. به همین علت نیاز روز افزونی به توسعه روش های جدید درمان بر علیه این پاتوژن نیاز است. سیستم های اکتساب آهن فاکتور های مهم ویرولانس این باکتری پاتوژن هستند. آنتی بادی بر علیه پروتئین های غشایی تحت تنظیم آهن (iromps) فعالیت باکتری سیدالی و اوپسونیزاسیون در شرایط in vitro از خود بروز داده اند. راه های جدید کشف واکسن از جمله واکسینولوژی معکوس امید بخش واکسن های جدیدی برای بیماری های مختلف هستند. در دسترس قرار گرفتن ژنوم این باکتری و ابزارهای بیو انفورماتیکی ایجاد یک رویکرد in silico برای شناسایی آنتی ژن های به صورت بالقوه ایمونوژن کرده است. این رویکرد ها اجازه انتخاب آنتی ژن های سیستماتیک را می دهد و پایه مطالعات آزمایشگاهی را فراهم می آورد و باعث کاهش بار کلونینگ و ارزیابی های بعد از آن می شود. اطلاعات به دست آمده از مطالعات پروتئومیکسی می توانند در طراحی واکسن ارزشمند باشند. بررسی مقایسه ای محتوای لیز سلولی و قطعات غشای خارجی سلول های اسینتوباکتر بومانی کشت یافته در شرایط فقر و غنای آهن منجر به کشف پروتئین هایی شد که بصورت مجزا تولید می شوند. هدف این مطالعه بررسی ایمنی زایی پروتئین های با بیان تحت تنظیم آهن جهت پیدا کردن یک ایمونوژن مناسب در اسینتوباکتر بومانی است که می تواند به عنوان یک کاندید واکسن مورد استفاده قرار بگیرد. در بین پروتئین های غشایی تحت تنظیم آهن ما یک غربال گری اولیه بر اساس میزان آب دوستی، انعطاف پذیری و پیچ های بتا، آنتی ژنیسیته کل و میزان محلول بودن پروتئین ها موجود در پروتئین ها انجام دادیم. یک فاکتور مهم تآثیر گذار در ایمنی زایی پروتئین-ها حضور اپیتوپ های سلول های b و t است. ما از مفهوم تراکم اپیتوپی برای انتخاب بهترین ایمونوژن استفاده کردیم. ساختار سه بعدی پروتئین های باقی مانده مدل سازی شد. اپیتوپ های خطی و فضایی سلول های b و اپیتوپ های سلول t متصل شونده به mhc-ii پیش بینی شد و پروتئین ها بر اساس محتوای اپیتوپی مورد مقایسه ایمنی زایی قرار گرفتند. با توجه به معیارهای ذکر شده ما آنتی ژنیسیته و ایمنی زایی کلی سلول ها را مقایسه کردیم و پروتئین caro را به عنوان یک ایمونوژن مناسب در a.baumannii معرفی می کنیم.
similar resources
شناسایی، توالی یابی و بررسی ویژگی های ایمونولوژیک یک پروتئین سطحی اختصاصی acinetobacter baumannii با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
acinetobacter baumannii یک باکتری گرم منفی، غیر متحرک و هوازی اجباری است که به عنوان پاتوژن بیمارستانی شناخته شده و غالباً مقاوم به انواع آنتی بیوتیک هاست. این باکتری همچنین به عنوان یک عامل مهم شیوع و مرگ ومیر در بیمارستان ها مخصوصاً در میان بیماران دارای نقص ایمنی شناسایی شده است. کنترل و درمان عفونت ناشی از آن به دلیل توانایی پاتوژن برای مقاومت به انواع آنتی بیوتیک ها و زنده ماندن در شرایط محی...
مطالعه بیوانفورماتیکی ویژگی های ایمونوژنیک پروتئین سطحی جاذب آهن در اسینتوباکتر بومانی
اسینتوباکتر بومانی یک باکتری گرم منفی غیرمتحرک است که سبب عفونت های شدید در افراد مستعد می گردد. به علاوه ایزوله های کلینیکی اسینتوباکتر بومانی افزایش مقاومت قابل توجهی را نسبت به درمان های آنتی بیوتیکی موجود نشان می دهند که درمان عفونت های این باکتری را با مشکل رو به رو ساخته است. به عنوان یک مکانیسم دفاعی دسترسی آهن برای باکتری ها در میزبان محدود شده است. اولین مرحله در جذب اختصاصی آهن از طری...
15 صفحه اولAcinetobacter baumannii
Acinetobacter baumannii is an opportunistic bacterial pathogen primarily associated with hospital-acquired infections. The recent increase in incidence, largely associated with infected combat troops returning from conflict zones, coupled with a dramatic increase in the incidence of multidrug-resistant (MDR) strains, has significantly raised the profile of this emerging opportunistic pathogen. ...
full textتخلیص و بررسی ویژگی های آنتی ژنیک پروتئین پوششی ویروس موزاییک خیار بیان شده در باکتری Escherichia coli
چکیده تخلیص انواع پروتئینهای بیان شدهی ویروسی با اهداف مختلف از جمله تولید آنتیبادیهای چند همسانهای و تک همسانهای، مطالعهی ساختاری آنها، شناسایی توالی آمینو اسیدی و توالی پپتیدی با استفاده از انواع روشهای کروماتوگرافی، صورت میپذیرد که عموماً کاربرد چنین روشهایی مستلزم صرف هزینهی زیاد میباشد. در این تحقیق سعی شد پس از بیان ژن پروتئین پوششی ویروس موزاییک خیار، تخلیص و خالص سازی پروتئی...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده علوم پایه
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023